数据丢失找捷定数据恢复中心

CUDA平台下的复杂疾病全基因组基因计算

 和全基因组基因相互作用(gene-gene interaction)分析。前者解析的是单个基因位点对疾病易感性的贡献,

 后者解析的是多个基因相互作用关系对疾病易感性的贡献,在特定情况下,为某些基因位点。

  复杂疾病的致病基因通常不止一个,因此基因互作是研究必不可少的手段之一。但是在全基因水平对其扫描,计算量惊人。

  以Affymetrix500K芯片为例,每个案例就有50万个单核苷酸变异(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)位点,两两扫描共有

  (500K *(500K-1))/2≈125G种可能组合,每种可能的候选组合都需进行case组和control组的统计记数,以WTCCC提供的七种疾病为例,

  case组和control组共约5,000个样例,总数据量高达625T,使用传统的CPU进行计算非常耗时,须使用多台机器分散作业方可完成

  (20台机器,约需2星期可分析完一个疾病)。

  注意到每个候选组合之间并无直接联系,完全可以独立并行地分别进行运算,且计算过程中涉及大量浮点操作,

  因此考虑把该项计算移植到GPU上。由后文的加速比测试可以看到,使用GPU加速的算法在保证正确性的前提下,极大幅度地提升了运算速度

当你遇到数据丢失情况时,为了避免更严重损坏,应立即停止操作,咨询专业数据恢复人员。
咨询电话: 021-31265210

捷定数据恢复中心 | 网站首页 - 介质送修流程 - 修复所需费用 - 站内地图 - 友情链接 - 联系我们